Um arcabouço para contagem de alelos nas nuvens computacionais
DOI:
https://doi.org/10.59681/2175-4411.v16.iEspecial.2024.1312Palavras-chave:
Big Data, Nuvens Computacionais, Alelos HLAResumo
Objetivo: desenvolver um arcabouço para realizar comparações antropológicas, classificar alelos, inferir o tempo de espera de pacientes que necessitam de transplante, entre outras análises. Método: comparação dos alelos de doadores e pacientes através de um algoritmo de busca para, baseado na contagem dos alelos, realizar as análises. Para reduzir o tempo de execução das análises, as consultas foram otimizadas e paralelizadas, permitindo sua execução eficiente em nuvens computacionais. Resultados: o arcabouço é capaz de realizar as análises em segundos, mesmo em uma base que contém mais de 5 milhões de registros. Conclusão: a estrutura proposta tem potencial para ajudar médicos/pesquisadores a obterem informações para melhorar o processo de doação de órgãos entre doadores não aparentados.
Referências
Singh AK, McGuirk JP. Allogeneic Stem Cell Transplantation: A Historical and Scientific Overview. Cancer Research (2016) 76:6445-6451. DOI: https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-16-1311
Tiercy JM. How to select the best available related or unrelated donor of hematopoietic stem cells? Haematologica (2016) 101(6):680-687. DOI: https://doi.org/10.3324/haematol.2015.141119
Gragert L. et al. HLA match likelihoods for hematopoietic stem-cell grafts in the U.S. registry. New England Journal of Medicine, 2014, 371(4):339-348. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMsa1311707
Burns LJ, Miller JP, Confer DL. Past, present and future of the national marrow donor program. Revista de Hematología. 2016;17(3):195-204.
Dehn J. et al. HapLogic: A predictive human leukocyte antigen matching algorithm to enhance rapid identification of optimal unrelated hematopoietic stem cell sources for transplantation. Biology of Blood and Marrow Transplantation. 2016, 22(11):2038-2046. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbmt.2016.07.022
Bochtler, W. et al. A Comparative Reference Study for the Validation of HLA-Matching Algorithms in the Search for Allogeneic Hematopoietic Stem Cell donors and cord blood units. HLA. 2016, 87(6). DOI: https://doi.org/10.1111/tan.12817
Marcio N. P. Silva, Karla Figueiredo, Luís C. M. S. Pôrto, Alexandre C. Sena. Uma Abordagem para Análise de Padrões em Banco de Dados de Doadores de Órgãos. Anais do Simpósio Brasileiro de Computação Aplicado a Saúde. 2022.
Lancaster AK, Single RM, et al. PyPop: A mature open-source software pipeline for population genomics. Frontiers in Immunology. 2024, 15. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2024.1378512
Excoffier L, Lischer HE. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Resour. 2010, 10(3):564-567. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
Nunes K, Aguiar V, Silva M. et al. How Ancestry Influences the Chances of Finding Unrelated Donors: An Investigation in Admixed Brazilians. Frontiers in Immunology. 2020, 11. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.584950
REDOME - Registro Nacional de Doadores Voluntários de Medula Óssea. 2024.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
A submissão de um artigo ao Journal of Health Informatics é entendida como exclusiva e que não está sendo considerada para publicação em outra revista. A permissão dos autores para a publicação de seu artigo no J. Health Inform. implica na exclusiva autorização concedida aos editores para incluí-lo na revista. Ao submeter um artigo, ao autor será solicitada a permissão eletrônica de um Termo de Transferência de Direitos Autorais. Uma mensagem eletrônica será enviada ao autor correspondente confirmando o recibo do manuscrito e o aceite da Declaração de Direito Autoral.
