Un workflow para el análisis evolutivo acelerado de secuencias genéticas
DOI:
https://doi.org/10.59681/2175-4411.v16.iEspecial.2024.1295Palabras clave:
Grandes datos, Distancia genética, WorkflowResumen
Por naturaleza, los virus están en constante mutación. Aunque la mayoría de las mutaciones no cambian el comportamiento de un virus, algunas de estas mutaciones pueden generar nuevas variantes. Una forma de comprobar esta evolución es a través de modelos evolutivos. Por tanto, el objetivo de este trabajo es evaluar la evolución genética de los virus. El método utilizado es el alineamiento por pares de las secuencias del virus, seguido del cálculo de la distancia genética. Además, para permitir la evaluación de una gran cantidad de secuencia, estos dos pasos se implementan a través de un Workflow. Los resultados muestran el excelente rendimiento del Workflow, capaz de aprovechar los múltiples núcleos de procesamiento disponibles en las nuevas arquitecturas, sino también la evolución de sus secuencias genéticas.
Descargas
Citas
Farahat RA, Sah R, El-Sakka AA, others. Human monkeypox disease (MPX). Infez Med. 2022; 30: p. 372-391.
Hu B, Guo H, Zhou P, others. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nature Reviews Microbiology. 2021; 19: p. 141-154.
Duffy S. Why are RNA virus mutation rates so damn high? PLOS Biology. 2018 August; 16: p. 1-6.
Verli H. Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Molecular. 1st ed.: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq; 2014.
Junior MJ, Sena A, Rebello V. Fragmentando o DNA de Ferramentas de Alinhamento Progressivo: uma Metaferramenta Eficiente. Anais do XXIV Simp. em Sist. Comp. de Alto Desempenho; 2023; Porto Alegre, Brasil. p. 349–360.
Dezordi FZ, Neto AMD, Campos TL, Jeronimo PMC, Wallau GL. ViralFlow: A Versatile Automated Workflow for SARS-CoV-2 Genome Assembly, Lineage Assignment, Mutations and Intrahost Variant Detection. Viruses. 2022; 14: p. 217.
Kim K, Park K, Lee S, Baek SH, Lim TH, Kim J, et al. VirPipe: an easy-to-use and customizable pipeline for detecting viral genomes from Nanopore sequencing. Bioinformatics. 2023 May; 39: p. btad293.
Di Tommaso P, Chatzou M, Floden EW, Barja PP, Palumbo E, Notredame C. Nextflow enables reproducible computational workflows. Nature Biotechnology. 2017; 35: p. 316–319.
De O. Sandes EF, Miranda G, Martorell X, Ayguade E, Teodoro G, De Melo ACMA. MASA: A Multiplatform Architecture for Sequence Aligners with Block Pruning. ACM Trans. Parallel Comput. 2016; 2 (4): p. 1-31.
Descargas
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0.
